Sejak awal, alur cerita Naruto selalu diliputi misteri dan lubang plot yang belum terpecahkan.
Meskipun beberapa sudah dijawab, sisa dari misteri di Naruto itu justru diabaikan, meskipun penting.
Salah satu misteri yang membingungkan berkisar tentang bagaimana Nagato mendapatkan Rinnegan, meskipun dia bukan anggota klan Uchiha atau siapa pun yang terkait dengannya.
Bahkan Sannin Jiraiya yang legendaris tidak berhasil mengetahui bagaimana Nagato mendapatkan Rinnegan ketika yang ia bertemu dengan anggota Akatsuki itu selama Perang Ninja Besar Kedua.
Jiraiya hanya menganggap Nagato sebagai anak dalam ramalan dan reinkarnasi dari Sage of Six Path, tapi dia tidak pernah tahu bahwa Rinnegan dari awal bukan milik Nagato.
Dengan Naruto dan Naruto: Shippuden yang menggabungkan 720 episode, bahkan penggemar berat serial ini telah mengabaikan beberapa detail terpenting yang berfungsi sebagai jawaban atas misteri yang belum terpecahkan.
Setelah Arc Serangan Pain, Konan menyembunyikan tubuh Nagato dan Yahiko lalu menjadi pemimpin de facto Amegakure.
Selanjutnya, Konan juga meninggalkan Akatsuki serta mimpi perdamaian Nagato dan Yahiko yang sudah lama dicari di tangan Naruto Uzumaki.
Namun, Tobi menghadapi Konan di Amegakure, meminta tubuh Nagato yang tentunya ditolak oleh Konan.
Tobi terkejut saat Konan tahu tentang niat jahatnya dari awal.