Bonney memutuskan untuk melihat ke dalam ingatan ayahnya di mana dia mengamati Kuma yang lebih muda dianiaya oleh orang-orang yang mencoba untuk mengembalikannya ke dalam kurungan, kengerian yang memaksanya keluar dari gelembung.
Bonney menyadari bahwa dia diusir karena dia tidak memiliki tekad untuk terus menonton, dan dia memberanikan diri untuk menghadapi kenangan itu lagi untuk mengetahui kebenaran mengapa ayahnya menjadi cyborg, namun, dia kemudian menangis atas apa pun yang dia lihat dalam ingatannya.
Suatu malam kemudian, Bonney bertemu kembali dengan Vegapunk, Lucci, dan Bajak Laut Topi Jerami, di mana York ditundukkan dan menghubungi Gorosei di luar keinginannya.
Setelah percakapan dengan para Gorosei berakhir, dan kelompok tersebut menyusun rencana pelarian, Bonney ikut bersama Lilith, Franky, dan Luffy.
Saat mereka menuju ke Thousand Sunny dan Vegaforce-01, Bonney dan Luffy setuju bahwa mereka akan melewatkan makanan di pulau itu, tapi Luffy kemudian memberitahunya bahwa Sanji akan membuatkan mereka makanan, yang membuat Bonney senang.
Ketika Luffy bertanya mengapa dia dalam suasana hati yang baik, dia menyatakan bahwa dia tidak lagi ingin Vegapunk mati, dan dia merasa lebih baik karenanya.
Bonney terjebak dalam pertarungan Luffy dan Kizaru ketika Luffy dikirim menabrak Vegaforce-01, menghancurkannya.
Dia, Franky, dan Lilith dengan cepat bergerak untuk menghindari ledakannya, namun hampir tidak berhasil melakukannya.
Sebelum mereka mengetahui arahnya, Kizaru muncul dan menghadapkan Bonney, menyuruhnya untuk tidak menghalangi jalannya.
Bonney menjawab dengan mengatakan bahwa targetnya telah bergeser, dan berusaha menyerang Kizaru dengan pecahan Vegaforce-01 yang hancur.
Kizaru dengan mudah menghindar, menendang Bonney dengan kecepatan cahaya dan meluncurkannya langsung ke Frontier Dome, yang menyebabkan ledakan ketika dia menabraknya.
Bonney selamat, dan saat dia jatuh ke Fabiriofase di bawah, Sentomaru menggunakan kekuatan terakhirnya untuk menangkapnya sebelum dia menyentuh tanah.
Bonney kemudian menyerang beberapa Angkatan Laut yang mendekat dengan Buah Iblisnya sebelum bersembunyi di reruntuhan terdekat.