5. Waking the Dragons

Organisasi kuno, Paradius, mencuri kartu dewa dan mulai menyegel jiwa orang-orang dan Duel Monsters untuk membengkitkan monster yang menghancurkan Atlantis 10.000 tahun yang lalu.

Untuk menghentikan mereka, Yugi, Joey, dan Kaiba bersatu dengan tiga naga legendaris, Timaeus, Critias, dan Hermos dan melawan pemimpin Paradius, Dartz, dan tiga pengikutnya, Rafael, Valon, dan Alister yang merekrut dan mengambil keuntungan dari duelis pro lainnya untuk membantu mereka.

6. Capsule Monsters

Di Pertengahan duel dengan Zigfried dan Zorc, Yugi dkk melakukan perjalanan dengan Capsule Monsters yang mana seorang pria misterius bernama Alexander dirasuki roh dari Millenium Ring.

7. Pharaoh’s Memories

Dengan ketiga kartu dewa berada ditangannya, Yami Yugi sudah siap untuk menemukan kembali ingatannya yang hilang.

Dia memasuki Dunia Ingatan, dunia di dalam Millenium Puzzle berdasarkan kejadian yang terjadi di Mesir 5000 tahun lalu (di dalam manga 3000 tahun lalu).

Disana, Pharaoh menghidupkan kembali hari-hari terakhir di kehidupan dia sebelumnya, bertarung melawan musuh lama, dan mempersatukan kembali kawan lamanya.

Tapi, teman barunya tidak melupakan dia, yang mana akhirnya Yugi dkk pergi kedalam Millenium Puzzle untuk menemukan Dunia Ingatan dan membantu Pharaoh mendapatkan ingatannya kembali.

Namun, Yami Bakura tidak membiarkan Pharaoh mendapatkan seluruh ingatannya kembali, karena dia berencana untuk menggunakan informasi yang dia dapat di Dunia Ingatan untuk mendapatkan kekuatan dari Millenium Item dan membangunkan “Kejahatan Kuno” yang tertidur selama 5000 tahun ini.

8. The Final Duel (Ceremonial Battle)

Kebanyakan hal yang mereka cari telah didapatkan.

Pharaoh Atem mendapatkan kembali semua Millenium Item, semua kartu dewa Mesir, mengalahkan Zorc The Dark One dan Yami Bakura di Dunia Ingatan dan mendapatkan kembali seluruh ingatannya di masa lalu, termasuk namanya.

Sekarang, sang Pharaoh dapat meninggalkan dunia sekarang dengan tenang, dan kembali bergabung dengan para pengikut kepercayaannya di alam baka.