Dia mengubah namanya menjadi Kouda Genbei (高田 源兵衛), dan menjabat sebagai pejabat militer dan guru pedang untuk domain Kumamoto.
Karena menyembunyikan beberapa orang Kiheitai yang tersesat di bawah rekan lamanya Oraku Gentarō, dia ditangkap pada November 1870 dan kemudian dipindahkan ke penjara di Tokyo pada tahun 1871.
Dia kemudian dieksekusi dengan pemenggalan kepala di Kodemmachōin, Nihombashi (日本橋小伝馬町, Nihombashi-kodemmachōin ), Tokyo pada 13 Januari 1872. Ia dimakamkan di Ikegami Honmon-ji, Tokyo.
Pendekar pedang dan pengembara fiksi, Himura Kenshin juga dikenal sebagai “Battosai”, dari serial manga Rurouni Kenshin terinspirasi oleh Gensai.
Karakternya adalah mantan pembunuh yang bertobat yang telah bersumpah tidak akan pernah membunuh 10 tahun setelah Revolusi Meiji.
Karakter Kawakami Bansai dari manga Gin Tama mengambil namanya dari Gensai.