Ada sebuah teori yang mengatakan bahwa Bonney merupakan hasil eksperimen Vegapunk.
Di beberapa Chapter lalu, kita melihat Jewerly Bonney mengakui bahwa Kuma adalah ayahnya.
Hal tersebut membuat Luffy dan yang lain terkejut.
Bonney kemudian meminta Luffy, Jinbe, dan Chopper untuk tidak menyakiti Pacifista yang mirip dengan Kuma.
Walaupun dia tahu Pacifista polisi itu bukan Kuma, dia tetap tidak ingin melukainya.
Namun, dari sanalah muncul teori di antara para penggemar One Piece terkait dengan hubungan mereka berdua.
Teori tersebut mengatakan bahwa Bonney mungkin bukan putri kandung Kuma, tetapi anak hasil eksperimen Vegapunk.
Di antara penggemar One Piece lain, masih ada yang mempertanyakan, apa bukti teori tersebut.
Pada Chapter sebelumnya, ada beberapa bukti yang menguatkan teori tersebut.
Bukti pertama adalah tubuh dan wajah Jewelry Bonney dan Kuma sangatlah berbeda.
Ditambah lagi, Bonney pernah berkata di Chapter 1063 bahwa Kuma adalah satu-satunya orang tua yang dia miliki.