Dua puluh dua tahun yang lalu, beberapa bulan setelah Insiden Ohara, Vegapunk melakukan perjalanan ke Ohara untuk memberikan penghormatan kepada mendiang Profesor Clover, di mana dia menemukan danau di tengah pulau yang penuh dengan buku.
Kesadaran bahwa ini adalah pendirian terakhir yang dibuat oleh para ilmuwan Ohara membuatnya menangis.
Vegapunk memperhatikan sekelompok Raksasa menarik buku-buku dari danau sebelum didekati oleh Dragon, yang juga datang untuk memberi penghormatan terakhir.
Dragon menjelaskan kepadanya bahwa para raksasa itu berasal dari Elbaf, dan mereka mengetahui nilai dari buku-buku itu.
Dragon menyesali penolakan Vegapunk untuk bergabung dengan Pejuang Kemerdekaan karena kurangnya sumber daya, tetapi Vegapunk menjelaskan bahwa dia merasa kemampuannya dimanfaatkan dengan lebih baik oleh Pemerintah Dunia.
Meskipun dia ingin membawa buku-buku itu kembali ke Punk Hazard, Vegapunk takut atasannya akan mendengar tentang kelangsungan hidup perpustakaan Ohara, dan mempercayakannya kepada para Raksasa.
Vegapunk kemudian melakukan kunjungan rahasia ke Elbaf untuk membaca semua buku yang diselamatkan untuk melanjutkan penelitian mereka.
Empat tahun sebelum alur cerita saat ini, dia memimpin tes senjata kimia di labnya di Punk Hazard. Mantan rekannya, Caesar Clown, menciptakan senjata kimia yang sangat kuat, dan ketika Vegapunk berusaha memecat Caesar karena perilakunya yang sembrono, Caesar membalas dengan meledakkan senjata itu, mengubah Punk Hazard menjadi gurun pasir. Pulau itu ditutup setelah kejadian ini dan seekor naga yang diciptakan Vegapunk juga ditinggalkan. Karena Vegapunk yang memimpin percobaan, dia disalahkan atas insiden tersebut.
Sebelum timeskip, dia fokus pada pengembangan senjata manusia yang disebut Pacifista, dengan Bartholomew Kuma sebagai subjek percobaan dan dengan penelitiannya tentang kekuatan Buah Iblis Kizaru. Dia entah bagaimana berhasil mensintesis mereka dan menjadi satu-satunya orang di dunia dengan kehebatan teknologi untuk memproduksi sinar laser fungsional dan nyata yang menyebabkan kerusakan, yang Pemerintah Dunia sekarang produksi secara massal.
Sebelum Perang Puncak Marineford, Vegapunk melakukan operasi terakhir pada Kuma, menghilangkan kehendak bebas Kuma yang terakhir. Namun, atas permintaan Kuma, Vegapunk memprogram misi untuk melindungi Thousand Sunny ke dalam bank memori Kuma.