Ini memiliki dampak negatif pada kondisi mental Kakashi lebih jauh.
Kendati demikian demikian, ia diundang untuk bergabung dengan Root, sebuah divisi khusus di bawah Anbu Black Ops.
Sementara itu, Danzo Shimura merencanakan kudeta terhadap Hiruzen Sarutobi.
Namun, berkat Kakashi, misi itu gagal, dan Hiruzen meminta Kakashi untuk tetap di bawah komandonya di Anbu, bukan Danzo Shimura.
Masalahnya adalah Kakashi telah mengalami begitu banyak sampai saat ini dalam hidupnya sehingga dia tidak dapat menyimpan semuanya bersama-sama.
Salah satu alasan utama dia bergabung dengan Anbu Black Ops adalah untuk meningkatkan kesehatan mentalnya, tetapi tujuan ini tidak pernah tercapai.
Bagaimanapun, Kakashi terus bekerja sebagai Anbu dan akhirnya bertemu Itachi Uchiha, yang juga bergabung dengan grup tersebut di Naruto.
Selama waktu ini, Hiruzen telah mengirim Guy dan Kosuke Maruboshi dalam misi rahasia dengan Kakashi dan Itachi sebagai cadangan.
Misi itu pada dasarnya adalah penyergapan yang mendorong Kakashi dan Itachi untuk mengatasi seorang kriminal.
Setelah itu, Guy menyadari bahwa Kakashi tidak baik-baik saja.