Sayangnya, karena manipulasi dan muslihat yang dilakukan oleh Obito, Madara, dan Zetsu Hitam, mimpi awal mereka menjadi rusak.
Pemimpin dari desa hujan, Hanzo, melihat Akatsuki sebagai ancaman atas kekuasaannya, dan bekerja sama dengan Danzo untuk mengeliminasi mereka.
Hal ini mengakibatkan kematian Yahiko karena dia membunuh dirinya sendiri untuk melindungi Nagato dan Konan.
Dia berharap agar mereka berdua dapat mewujudkan mimpinya dan tujuan Akatsuki.
Setelah kejadian ini, pandangan dunia yang dimiliki oleh Nagato mulai berubah.
Dia masih tetap menginginkan dunia yang damai, tapi dia sudah tidak lagi percaya kalau hal itu dapat diperoleh tanpa kekerasan.
Obito dan Zetsu Hitam membantunya dalam tujuan barunya ini dan meyakinkan Nagato kalau dunia ini tidak akan pernah mencapai kata damai tanpa menggunakan paksaan dan kekerasan.
Orang-orang dengan kekuatan akan selalu memberikan rasa sakit kepada orang yang lebih lemah, dan mereka tidak akan memahami hal itu kalau belum merasakan rasa sakit yang sama.
Nagato akan mengejar kedamaian dengan perang dan kekerasan, mempersatukan dunia dengan saling berbagi penderitaan dan trauma.
Dengan ideologi barunya ini, Nagato membentuk Akatsuki baru, yang mana merupakan grup yang berisikan para penjahat demi mengejar tujuan ini.
Akatsuki yang sekarang ini berulang kali dimanipulasi oleh Obito, Madara, dan Zetsu Hitam yang mana mereka menggunakan organisasi ini untuk kepentingan mereka sendiri.
Mimpi akan kedamaian yang dimiliki oleh Yahiko semakin lama semakin menipis dan semakin melenceng oleh para manipulator ini.
BACA JUGA: Naruto: Menyedihkan, Ternyata Ini Penyebab Utama Penyakit Mematikan yang Diderita oleh Itachi