Tim tersebut akhirnya ditangkap, dan Vegapunk kemudian diintegrasikan ke dalam Angkatan Laut sebagai kepala ilmuwannya setelah pembubaran MADS.
Vegapunk pernah ditangkap oleh Pemerintah Dunia karena eksperimennya yang berbahaya sehubungan dengan penelitian yang dilakukan terhadap Faktor Silsilah dan kloning.
Meskipun ini terkait dengan birokrasi, dia dipekerjakan sebagai kepala ilmuwan mereka di Angkatan Laut hingga menjadi pemimpin SSG.
Meskipun sangat membantu dalam meningkatkan kekuatan militer Angkatan Laut secara drastis dengan penemuannya tentang Pacifista dan Seraphim, Pemerintah Dunia telah memilih untuk membunuhnya dengan mengirimkan CP0 karena ketakutan.
Ketakutan mereka terbukti benar, karena Vegapunk telah mempelajari semua buku yang disimpan oleh para ilmuwan Ohara selama Insiden Ohara dan mempelajari tentang Kerajaan Kuno.
Vegapunk dan Dragon di One Piece
Memahami apa yang akan dilakukan Pemerintah Dunia jika mereka mengetahui hal ini, Vegapunk memilih untuk merahasiakannya.
Vegapunk tidak pernah mengungkapkan kepada mereka bahwa Ohara berhasil melindungi buku berharga mereka.
Setelah bekerja untuk Pemerintah Dunia, ia menjadi terkenal karena penelitian Buah Iblisnya dan karena menemukan bahwa Batu Laut dapat melawan efek Buah Iblis pada penggunanya.
Sekitar 33 tahun yang lalu, ketika Kaidou ditangkap oleh Angkatan Laut, Vegapunk dapat mengekstraksi sampel Faktor Silsilahnya untuk mereplikasi Buah Iblisnya, meskipun hasilnya tidak memuaskan.
Pemerintah Dunia ingin dia memberikan buah itu kepada mereka, tetapi Vegapunk menganggapnya gagal dan menolaknya. Vegapunk meninggalkannya di Punk Hazard. Beberapa waktu kemudian, Kaidou kabur dari fasilitas Vegapunk bersama dengan King, yang juga ditangkap.
BACA JUGA: One Piece: Membahas Keberadaan Oro Jackson, Kapal Legendaris Raja Bajak Laut Gol D. Roger