Serial ini dimulai dengan fenomena aneh yang disebut “gempa spasial” yang menghancurkan pusat Eurasia, yang mengakibatkan sedikitnya 150 juta korban jiwa. Selama 30 tahun ke depan, gempa spasial yang lebih kecil melanda dunia secara tidak teratur. Saat ini, Shido Itsuka, seorang siswa SMA yang tampaknya biasa-biasa saja, bertemu dengan seorang gadis misterius di titik nol gempa spasial. Dia belajar dari saudara angkatnya Kotori bahwa gadis itu adalah salah satu “Roh” dari dimensi berbeda yang merupakan penyebab sebenarnya dari gempa spasial yang terjadi ketika mereka menampakkan diri di dunia nyata. Dia juga mengetahui Kotori adalah komandan pesawat Fraxinus, diawaki oleh organisasi Ratatoskr dan perusahaan induknya Asgard Electronics.
Shido direkrut oleh Ratatoskr untuk memanfaatkan kemampuan misteriusnya untuk menyegel kekuatan Roh sehingga menghentikan mereka menjadi ancaman bagi umat manusia. Namun, ada syaratnya: untuk menyegel kekuatan Roh, dia harus membuat setiap Roh jatuh cinta padanya dan membuatnya menciumnya. Selain itu, Shido dan rekan-rekannya menghadapi perlawanan dari AST (Tim Anti-Spirit), sebuah unit khusus yang dirancang untuk menekan ancaman yang ditimbulkan oleh Spirit dengan melenyapkan mereka, yang didukung oleh DEM (Deus Ex Machina) Industries, sebuah konglomerat yang dipimpin oleh Sir Isaac Ray Pelham Westcott yang bermaksud memanfaatkan kekuatan para Spirit untuk agendanya sendiri. Saat Shido berhasil menyegel lebih banyak Roh, dia mendapatkan sekutu untuk membantunya berkencan dengan Roh lain tetapi juga meningkatkan persaingan di antara mereka untuk mendapatkan perhatian dan kasih sayang, yang membuatnya sangat kecewa.